В этом плане нет общепринятых best practice, это ваше решение, которое обычно зависит от четкого задания. А еще чаще это ваши шаблоны, или шаблоны компании.
Как понять где использовать bootstrap, где просто резину внутренних блоков с фиксированной шириной сайта, а где резину + адаптив Media Queries? Если можно развернутый ответ.
это не 3 альтернативы. Вы выбираете, использовать свою адаптивность, или адаптивность bootstrap. Определяете, какие элементы бустрап вам пригодятся. и не будет ли оверхеда, и принимаете решение.
Только для грида bootstrap не вполне корректно использовать, возьмите просто grid.