Была немного похожая задача, PDF-ы были старой версии 1.3 или 1.4.
На PHP ничего не нашла, пользовалась перловской библиотекой CAM::PDF
Раннее с перлом дела не имела, но порог вхождения низкий, если есть опыт работы с регулярными выражениями,
достаточно сайта hyperpolyglot.org (раньше было удобнее: PERL и PHP были на одной странице)