Проблема такая возникает, если дамп делать с опцией extended-insert, когда он пишется в стиле:
INSERT INTO ttable VALUES (1,'2','3'),(2,'2','4'),(4,'5','1');
Наборов значений может быть полно.Насколько я заметил, такие запросы обрабатываются только целиком, а для этого клиенту нужно считать сразу весь запрос. Если значений очень много (сталкивался на таблицах с сотнями тысяч записей), то задача упирается или в превышение max_allowed_packet (об этом выдаётся сообщение), или в нехватку выделяемой оперативной памяти (в этом случае сервер валится вместе с процессом).
Во избежание подобных ситуаций предпочитаю делать дамп с отключенным --extended-insert, когда на один INSERT-запрос приходится один набор значений. Размер дампа, естественно, увеличивается, но его можно обработать без таких проблем.