Если локальные пути к папкам с проектами отличаются между машинами, настройки будут слетать.
Подобные проблемы на Windows я для себя решаю используя утилиту
subst. При старте системы создаётся диск, указывающий на папку с проектами. Так что на всех машинах, файлы проекта у меня находятся в p:/project_name/repo. Если используете локальный WAMP, диск может указывать не его папку home.