ТС, поясняю.
Например, вам надо, чтобы только пользователь root имел права на папку. Остальным нельзя даже просматривать её. Делаете так:
# chown root:root <полный путь к папке>
# chmod 700 <полный путь к папке>
Да, чуть не забыл. Если вам надо, чтобы права поменялись не только на текущую папку, но и на все подпапки и на все вложенные в них файлы, прибавьте к каждой команде, в конце, оператор -R.
Василий: Извините, столкнулся с такой проблемой, получается, что в эту папку никто не имеет доступа и владелец сам пользователь, но эту папку требуется "воспроизводить" как сайт, т.е. mysite.ru/user но не работает, пишет нет прав, требуется передать папку во владение www-data - тогда все работает. Только сбрасывается тот пользователь. Можно ли как-то решить эту проблему?