1. у апача есть понятие глобальной конфигурации и конфигурации виртуалхостов — соответстенно файлик можно прописать для всех виртуалхостов единожды.
2. положить один роботс.тхт куда-то, куда есть доступ у пользователя, из под которого запущен апач и в каталогах, где находятся виртуалхосты сделать симлинк на этот самый роботс.тхт, тогда меняться он будет для всех виртуалхостов, где лежат симлинки на него одновременно,.