.csscomb.json и там опишите ваши настройки. Да, он делает отступы между группами свойств. Вот пример файла настройки. В свойстве sort-order есть группы свойств. Вот между этими группами и ставятся пустые строки. Если не хотите так — в своём конфиге не разбивайте свойства на группы.