Windows по умолчанию относит USB Flash накопители к съемным и применяет политики безопасности, даже если у Вас будет не один диск, Windows будет отображать только первый.
Есть хак "Hitachi Microdrive Filter Driver" который позволит определять все флешки как жесткие диски.
Для прочей магии используйте консольную DISKPART.