А вес таблиц тех же новостей в формате InnoDB растет в 2 раза.
насколько я помню если брать таблицу без индексов (ну только с PK) в MyISAM и InnoDB то там оверхэд на ряд где-то 20 байт... Далее идут свои нюансы с ключами... но это так же мелочи.
вы либо удаляете из таблицы записи какие-то, либо не уверен. Но в любом случае InnoDB стоит использовать если есть такая возможность (с учетом того что в MySQL 5.6 уже есть full text индексы в InnoDB то в MyISAM возникает необходимость только в очень крайних ситуациях). Вы OPTIMIZE TABLE делали вообще?