Создайте дефолтный сервер который просто закрывает соединение. Во всех остальных серверах пропишите имена по которым они должны открываться.
server {
listen 80 default_server;
return 404;
}
server {
listen 80;
server_name example.com www.example.com;
...
}
UPD: Как ниже советует Влад, лучше отдавать 404, что бы боты быстрее отстали. Но принцип всё равно неизменен, можете отдавать что угодно, например редирект на сайт вредителей :)