Можно вообще всё хранить хоть в корне проекта, только зачем?
Во времена перехода 4.2->5.0 Тейлор мутил такую фишку, с раскидыванием логики в одну папку. Т.е:
Users:
- UsersController
- UsersRepositry
- User
- etc...
Но оно не взлетело, не прижилось.
Если хочется раскладывать файлы так - то делайте, никто не запрещает. Начальная структура просто скелет, и никто не заставляет ему следовать.