немного непонятна задача.
Автономные папки, если не поменялась их идея, это пользовательская фишка : в сетевом папке выбираем файл или папку - "сделать доступным автономно" и оно начинает синхронизироваться.
Если же вы про always offline mode то вот вам
ссылка, там описывается где в gpo можно настроить сетевую папку для которой он включен.