Выбор только из этих трёх систем? Если нет, посмотрите на OpenCart - простая cms, много возможностей из коробки, удобная админка, много модулей и шаблонов, простой код для самостоятельного ковыряния, если сами с чем то не справитесь легко найти человека который поможет доработать магазин.
Раньше, я думал, что OpenCart страшная, как в стандартном шаблоне, так и в в админке, оказалось это был ocStore. Я был удивлён, когда увидел оригинальную сборку OpenCart, и сразу поставил именно её, так же нашёл для неё бесплатно модуль Robokassa от MaxyStore. Теперь уж точно понял, что OpenCart - лучший вариант, PrestaShop, тоже нормальный, но не нашёл под неё бесплатного модуль оплаты.
Владимир Мусихин: OcStore минимально отличается от OpenCart'а, просто OcStore основан на старой ветке ОпенКарта 1.5.5, а на новой ветке 2.0 сборку OcStore ещё не сделали (OcStore отличается от Опена изначально установленными Сео функциями, увеличенным количеством способов оплат, русификацией из коробки).
Средний
