Могу предположить, что за появление ошибки отвечают строки
location ~* ^.+.(jpg|jpeg|gif|png|ico|css|zip|tgz|gz|rar|bz2|doc|xls|exe|pdf|ppt|txt|tar|mid|midi|wav|bmp|rtf|js)$ {
root /var/test.lan/;
Если есть возможность, надо включить в nginx'е протоколирование ошибок и посмотреть при каких url'ах 404 выдается, а также не соответствуют ли указанные url'ы вышенаписанному регексу.