Существует соап сервер, на который php скриптом отправляются данные, ни как не могу додумать как закрыть соединение и завершить скрипт если выполнение слишком долгое (или долго не может достучаться до сервера, не открывается соединение), скажем через 10-15 секунд.
Например, можно сделать через демона, на том же php. При старте скрипта, записываете айди процесса и время старта (например в бд в мемори таблицу), а демон постоянно просматривает таблицу, и убивает те процессы, которые запущены дольше определённого времени.
