Возможно вам стоило в инструментах вебмастера сначала подать сигнал об удалении контента, потому что спонтанно удаленный сайт может болтаться в выдаче довольно долго (по несколько месяцев) - пускай не полностью, но отдельные страницы могут висеть в индексе и дольше.
В инструментах Google есть функция - Удалить URL-адреса.