Чистым css, не получится. Masonry динамически высчитывает позиции элементов, при этом они позиционированы абсолютно. А, чтобы центрировать родительский контейнер, его ширина должна быть отличной от 100% и равняться сумме ширин элементов в строке(с определением строки могут возникнуть проблемы, они не явны, условны) с отступами и полями. Тут придется велосипед на js писать. Правда есть много "но".
Алгоритм может быть таков:
-Определяем количество элементов в так называемой строке(самое сложное).
-Вычисляем ширину элементов
-Вычисляем сумму ширин элементов, это будет ширина родителя
-Динамически подставляем ширину родительского контейнера(в css его свойство margin:0 auto).