Принципиально, вам нужно разделить изменение библиотеки и подключение ее к другим проектам через composer. Т.е. коммитить изменения "из любого проекта" не получится, только напрямую в библиотеку и потом вытягивать обновления в текущий проект.
Если хотите фиксировать версию библиотеки в данном проекте, при описании приватной репы в composer.json можно указать номер ревизии или ветку (через атрибут reference)
"source": {
              "url": "https://github.com/l3pp4rd/DoctrineExtensions.git",
              "type": "git",
              "reference":"master"
            }