Очистить от чего? От инъекций? С переменными PHP всё просто — не заворачивайте в коде строки в двойные кавычки попусту, только в одинарные (не будут конструкции $переменная заменяться, это и на производительность влияет положительно). По поводу SQL, если калькулятор зачем-то лезет в БД: для MySQL, например, есть функция mysql[i]_real_escape_string, экранирующая строку от инъекций, для остальных тоже должно подобное быть, а лучше возьмите готовый ORM (можно и изкоробочный PDO, но у него заморочки есть) и не изобретайте велосипед.