Ну вообще мне кажется, что такое поведение (возможность выполнить для нескольких файлов действие, которые выполнимо для одного) вполне логично. Нет никаких естественных оснований запрещать человеку открыть сразу 10 файлов также, как он бы открыл их по-одному. Возможно и есть способ запрета, вопрос в том, стоит ли. Если вас не устраивает, что открывается много экземпляров программы, решите именно эту проблему (чтобы окно программы активировалось, если она уже запущена. Можно, кстати, послать команду на открытие нового файла в уже запущенную программу).
