Мне кажется что тут нет никакой ошибки - элемент имеет нулевую высоту. Бордер добавляется с каждой стороны . То есть верхний бордер плюсуется с нижним - вот вам и два пикселя.
Не уверен на сто процентов, но возможно это вам поможет: -fx-border-style: hidden hidden solid hidden;
Тимур: Забавно, Первый раз на практике твой вариант у меня не прокатил - то что должно было быть hidden почему-то осталось отображаться, итог - всё равно 2 пикселя толщина. Это заставило меня попробовать сделать то же самое с width. А теперь попробовал - бац! И твой hidden тоже работает!))
Антон Марченко: не прокатил сначала скорее всего потому что свойство -fx-border-style: solid находилось после моего. CSS документ ведь читается сверху вниз.