Если вкомпилите райнтам статически - по идее проблем быть не должно, т.к. у вас будет свой набор функций, не пересекающийся с тем, что загружаются 3dmax. Он просто не будет "видеть" вашу копию рантайм-библиотек, т.к. они будут монолитом с вашим плагином.
Если вы уверены, что дело в конфликте библиотек (в чем еще нужно убедиться - можно посмотреть, какие модули загружены 3dmax-ом, когда работает ваш плагин с помощью Process Explorer - по идее должны быть загружены отдельно и его библиотеки, и ваши, который лежат рядом с плагином), то можно попытаться ставить райнтам более серьезным способом - с помощью пакета установки. Если у вашего плагина уже есть инсталлер, тогда в него нужно интегрировать redistributable-инсталлер рантайма, если нет - тогда пользователям придется запускать установку самим. Плюс этого способа - операционка должна сама разрулить потенциальные конфликты (side-by-side, все дела).
И все-таки, проверьте, действительно ли ваши библиотеки "подменяют" 3d-максовские и отличаются ли они вообще друг от друга. У рантайма 2012-й студии вроде не так уж много версий есть на свете (MS довольно быстро выпустили 2013-ю и подняли версию vc++).
Простой