Если у вас есть пользователь, у которого есть доступ к sudo, то подключаетесь к серверу по ssh, например используя программу putty. Затем в консоли выполняете команду
sudo passwd root
И вводите ваш пароль пароль для root-а два раза.
Enter new UNIX password:
Retype new UNIX password:
passwd: password updated successfully
После корректного ввода можете подключатся уже root-ом.