> не знаю уже, куда смотреть. очень прошу помощи
попробуй посмотреть внимательно на:
DocumentRoot /var/www/site ( сайт находится в папке /var/www/site обращаться нужно - %IP_ADDRESS%/ а не %IP_ADDRESS%/site)
ServerName site.com - стереть, вы же по ip обращаетесь, причем тут site.com ?
ServerAlias www.site.kg - стереть
посмотреть в логи
ErrorLog /var/log/apache2/site.com-error.log
CustomLog /var/log/apache2/site.com-access.log combined
убедится что по ип адресу не открывается какойто другой конфиг который подгружается первым в конфиг апача.
> (главная страница запускается)
а вы уверены что 404 идет от апача а не от скрипта?
Проблема может быть в том, что используется REST запрос, а сайт лежит в папке, и роутинг скрипта вашего сайта выдает 404, т.к. site/ воспринимает за роут, который у него не настроен. (нужно гдето в скриптах указать base url, должно быть такое)