Честно говоря я себе сам надоедаю, но есть еще один вопрос, со всеми проблемами пошагово разобрался, осталась одна: у меня в папке root есть файл app.js в котором включен сервер, но если я создам папку в папке root и закину туда файл app.js сервер включится но сайт не будет работать, объясните проблему пожалуйста(
Так и не должен, если pm2 или другой менеджер процессов ищет его в одном месте, где было указано при установке как сервис, то откуда он должен знать что появилась папка и файл ушел в нее.