Разумнее рассчитывать надежность относительно уровня надежности датацентра, где расположен этот сайт.
Из прочитанного выяснил, что для оценки надежности компьютера оценивают надежность каждого его элемента (ОЗУ, процессор, материнская плата). Насколько я понял, статистические данные по каждому элементу берут у производителя и высчитывают наработку на отказ.
Вы плохо учились и неправильно всё поняли. По компонентам считать - глупо и бессмысленно.
Неужели вы готовы искать показатели надежности витой пары и сетевых разъемов?
Подскажите, как сделать тоже самое для простого сайта, написанного на PHP и работающего под управлением Linux (NGINX+PHP-FPM+MySQL)?
Да никак! Вы сначала говорите о железе, а потом переводите разговор о софте и ОС.
К написанию диплома пора бы понимать разницу между программной и аппаратной частью.