Вообще когда говорят об разделении php и html имеют ввиду разделение кода бизнес-логики и кода который отвечает за отображение информации. То есть это абсолютно не значит, что нужно убирать весь php код из ваших шаблонов, вы можете его использовать обрабатывая выходную информацию или создавая условия вывода информации в зависимости от каких либо параметров. Важно что бы в вашем шаблоне не было соединения с базой, запись, обновление и других основных операций а так же основного кода вашего приложения. То есть в ваши шаблоны должна приходить уже готовая информация, которую нужно только правильно вывести.