"<? echo site_url ... ?>" - зачем усложнять? Я подключил бутстрап гораздо проще:
1. Закинул нужные файлы в корень сайта в папку (в моём случае "inc");
2. Создал отображение "header", в котором собственно и подключил бутстрап так: <script src="/inc/bootstrap.js"></script>. Аналогично подключил и стили.
И всё, готово. Вызываю это отображение из всех модулей (ибо HMVC) и всё работает отлично.