А что мешает поступить как белый человек, то есть распарсить CSV, пройтись по нему циклом и исправить нужные значения, а потом записать эти данные обратно в файл?
В конце концов, если файл огромен (сотни мегабайт), можно его построчно читать, править и записывать. Хотя для оптимизации работы с диском лучше не по одной строке, а по десятку (смотря, какой длины строки).
Да, на огромном файле скрипт работать будет долго, может, даже несколько минут. Но файлы — они такие. Нужна скорость — берите базу данных.
Исправить только одно значение теоретически можно, но геморроя не оберётесь. Например, представьте ситуацию, когда нужно не просто изменить пару байт, а добавить их в середину файла.