Если все Ваши домены открывают веб панель на Вашем сервере, то домены на стороне провайдера настроены правильно.
После того, как кто-то набирает доменное имя в браузере, запрос переадресуется на Ваш физический сервер, а дальше какой-то Web сервер (приложение - apache, nginx итп) в зависимости от доменного имени и настроек показыват/выполняет/переадресует файлы/программы и тп. из разных папок.
Раз Вы в комментариях пишите, что студент установил nginx, то скорее всего источник проблемы - неправильно установленный nginx.
Вероятно, что nginx принимает все запросы, которые приходят на 80 порт не зависимо от доменного имени и переадресует их на ISP.
В nginx нужно создать для кажого доменного имени различные настройки.
Выглядеть это будет так примерно:
server {
listen IP.XXX.XXX.XXX:80;
server_name example.com;
...
}
Если после вмешательства студента apache работает на 8080 порту, можно попробовать в браузере открыть Ваш домен examle.com:8080 и example.com:80
В первом случае за обработку отвечает apache и есть вероятность, что порт открыт и нужный домен откроется правильно, во втором случае отвечает nginx. Если apache открывает старницы правильно, а nginx неправильно, то настраивать нужно nginx.