Предвосхищаю в принципе резонный вопрос зачем так извращаться, приложение работает с большими данными причем довольно часто, выбирать каждый раз все поля когда зачастую нужно отредактировать только одно довольно накладно.
Тогда не понятно почему вы вообще используете Doctrine ORM. Вы вкурсе что происходит при Flush? (если конечно не меняли ChangeTrackingPolicy, но тогда и что внутри flush вы тоже должны знать)
Вообще подобные задачи, если вам в принципе плевать на внутреннее состояние ваших энтити, то есть вы прекрасно знаете что вы меняете и зачем - лучше использовать DBAL или DQL напрямую в репозитории.