Решил таким образом: удалил все ссылки на EntityFramework из NuGet, также все, что связано с MySQL, добавил их заново. Затем из app.Config закомментил все, что относится к EntityFramework и заменил на это:
<entityFramework>
<defaultConnectionFactory type="MySql.Data.Entity.MySqlConnectionFactory, MySql.Data.Entity.EF6" />
<providers>
<provider invariantName="MySql.Data.MySqlClient" type="MySql.Data.MySqlClient.MySqlProviderServices, MySql.Data.Entity.EF6" />
</providers>
</entityFramework>
Сделал по странному решению отсюда:
overcram.com/questions/?qid=699418