Как-то так:
INSERT IGNORE INTO table_name_copy SELECT * FROM table_name;
Где table_name_copy - это копия таблицы, но пустая и с уникальным индексом на полях, которые должны быть уникальны.
После этого исходную таблицу можно будет удалить и копию переименовать в оригинал.