Phpmyadmin установлен на debian 7 через apt-get install phpmyadmin.
В манулах пишут, что конфиг расположен по адресу /etc/phpmyadmin/config.inc.php, но редактирование этого файла не приводит к изменениям.
Аналогично, создание config.inc.php в /usr/share/phpmyadmin, как пишут в других мануалах, так же не принесло результата.
Оказалось, что в php-fpm был настроен open_basedir, который не позволял читать из /etc/phpmyadmin, при этом скрипт почему-то не выдавал ошибку.
Решилось добавлением /etc/phpmyadmin в open_basedir.
