Хранить в таблице: имя папки, имя файла, тип файла, размер файла, габариты файла. Есть ли смысл хранить эту информацию в отдельной таблице, раз их можно получить запросив файловую систему?
В других таблицах хранить только ID на поле в таблице файла.
Думаю имеет смысл хранить их в бд когда нужна максимальная производительность веб-приложения (highload), в противном случае - не вижу особой нужды в этом.
