Попробуй создать поддомен, сделай общую базу, заливка всех медиа файлов и файлов юзеров на отдельный сервер или поддомен и сделай редирект в index.php на мобильную версию.
<?php
$iphone = strpos($_SERVER['HTTP_USER_AGENT'],"iPhone");
$android = strpos($_SERVER['HTTP_USER_AGENT'],"Android");
$palmpre = strpos($_SERVER['HTTP_USER_AGENT'],"webOS");
$berry = strpos($_SERVER['HTTP_USER_AGENT'],"BlackBerry");
$ipod = strpos($_SERVER['HTTP_USER_AGENT'],"iPod");
$mobile = strpos($_SERVER['HTTP_USER_AGENT'],"Mobile");
$symb = strpos($_SERVER['HTTP_USER_AGENT'],"Symbian");
$operam = strpos($_SERVER['HTTP_USER_AGENT'],"Opera M");
$htc = strpos($_SERVER['HTTP_USER_AGENT'],"HTC_");
$fennec = strpos($_SERVER['HTTP_USER_AGENT'],"Fennec/");
$winphone = strpos($_SERVER['HTTP_USER_AGENT'],"WindowsPhone");
$wp7 = strpos($_SERVER['HTTP_USER_AGENT'],"WP7");
$wp8 = strpos($_SERVER['HTTP_USER_AGENT'],"WP8");
if ($ipad || $iphone || $android || $palmpre || $ipod || $berry || $mobile || $symb || $operam || $htc || $fennec || $winphone || $wp7 || $wp8 === true) {
header('Location: http://m.site.com');
}
?>
Код для index файла, у тебя там уже есть <?php ?> в коде, значит в этом просто их убери и ставь. что бы ошибки не было