Не вижу никаких проблем: не подключайте его совсем. А в начале своего модуля просто объявите прототип функции:
extern "C" int printf(const char *format, ...);
и потом используй в своё удовольствие: компилятору вы обещание дали, а линковщик разберётся. Главное - extern "C", что говорит использовать манглинг имён в стиле C, а не C++. Естественно, если используется что-то, что не объявлено в stdio.h, но косвенно инклудится, то нужно подключать уже.