Причём тут git status? Конечно clean, вы же сделали коммит.
Я Вам написал, как убрать ненужные файл через Git, как это делает тот или иной клиент, я не знаю.
Да, извините за статус, затупил) По поводу ресета, к сожалению, это не помогает. Более того, gitk показывает отсутствие этого коммита. Но Шторм упорно его показывает, как на скрине.
reset сбрасывает коммит (он и должен отсутствовать), но оставляет файлы в измененном состоянии, можно сделать новый коммит без ненужных файлов.
А что изображено на скрине, я не очень понимаю.
Петр, если ошибка в самом свежем коммите, то reset точно помогает. И неважно, сделан он через консоль или мышкой в PhpStorm.
Отменяем коммит и создаём снова правильно.
Судя по выводу status, вы ресет не сделали.