Используйте в проекте MVC модель, можно использовать для этого подходящий фрэймворк.
В зависимости от задачи давайте доступы на нужные файлы и папки. Допустим делают люди ленту новостей, делаете папку feed в папках моделей, контроллеров, во вьюхах и даете доступ только к ним всем, кто участвует в разработке ленты. Доступ к таблицам БД можно ограничить. Работать через систему контроля версий, например через git.
Но такое анальное ограждение не всегда хорошо.
Я бы дал доступ людям на тестовый сервер полный. На продакшен переносил бы, если на тестовом все ок. С использованием git мержить все это было бы удобно и легко. Продакшен, да и тестовый, хорошо бы бэкапить.
Если совсем страшно за проект, пусть подпишут NDA, но давайте будем честны, в РФ всем пофиг на это и в случае возможных проблем, женщина-судья, у которой в голове 42 рецепта борща, и технический эксперт, окончивший пту, в судебных тяжбах профита вашему результату не прибавят.
