Все просто:
1. Запрос от клиента поступает на URI-роутер.
2. URI-роутер на основе URI-строки передает управление нужному приложению.
3. В приложении ВХОДНЫЕ данные проходят проверку.
4. Приложение обрабатывает данные, при необходимости использует: БД, API и т.д.
5. После обработки подготавливаются ВЫХОДНЫЕ данные для шаблонизации.
6. Согласно шаблону страницы приложения ВЫХОДНЫЕ данные распределяются на нужные места.
7. Итоговая страница формируется согласно представлению (веб-страница, json, и т.д.) и отправляется клиенту.