Не уверен, что точно понял вопрос, но
у apt-get'а есть флаг -y. А сообщения apt-get в Python отслеживаются довольно просто: я так понимаю, используется
subprocess, там можно получить как stdout, так и stderr, по ним что угодно отловить. Но это все как-то сложно... Если у вас набор ПО не меняется часто и все сводится к манипуляциям в shell, то гораздо логичнее и проще здесь использовать простенький bash-скрипт. Если же речь идет про сервера и их много, то можно не костылять, использовать, например,
Ansible.