Описание проблемы я чёт доконца не понял. Попробую ответить на ваш вопрос в теме.
Командная оболочка позволяет работать с атрибутами файлов и папок, оснастка attrib, в списке атрибутов нет сжатия и шифрования. Есть А — архивный, но это кажется не совсем то, что вам нужно.
Сжимать нужно отдельной оснасткой compact, а шифровать cipher
Никто ж не мешает сделать батник и выполнить нужные действия над каталогом или файлом. Это будет команда за командой, но не одновременно.