То есть не обновить, как при F5, а чисто перерисовать. Проблема в том, что наложение DOM-элементов на трехмерный контекст происходит и иногда остаются старые куски элементов на рендере. В каждом кадре вызывается clear для канвы. Глюки лечатся переходом на другую вкладку и возвратом обратно.
Или может это известный баг? Если да, то может есть ссылка на него в трекере?