1) Запускать надо напрямую, а не через sh (привожу свой работающий пример, bash_php - это имя файла, лежащего в директории "~/")
~$ bash_php
2) У файла bash_php должны быть указаны необходимые для запуска права. Установить такие права можно командой:
~$ chmod +x bash_php
3) Путь к файлу, который подвергается include'у должен быть либо абсолютным (если у вас файл лежит далеко):
#!/usr/bin/php
<?php
include "/test/inc.php";
?>
либо относительным (при этом отсчет пути ведется от рабочей директории, в моем примере - "~/"):
#!/usr/bin/php
<?php
include "inc.php";
?>