В файле php класс, который является своего рода базой данных. То есть в свойствах содержится информация о приложении . Обновляется редко, но будет возникать необходимость изменять средствами php значения свойств.
Подскажите пожалуйста, как наиболее правильно выполнять перезапись или частичное обновление?
Опять начлись нубостоны про "скорость". Ни один из этих поборников скорости ни одной проблемы со скоростью никогда в жизни не видел, но печется больше, чем о здоровье собственной бабушки.
Разницы между "перезаписью" и "частичным обновлением" около 0 с точки зрения скорости. Все равно кешироваться будут опкоды и они будет переписаны при изменении файла. Так что делайте как удобней.