При сериализации объекта DataSet в бинарном или xml формате, все данные в самих файлах есть. При десериализации, в обоих случаях, данные теряются. Т.е. тот же самый Rows.Count выдает 0. Изначально данные точно были, еще раз повторюсь, что и в бинарном и в xml файле эти данные сохранены. Кстати WriteXml и ReadXml работают нормально.
UPD1: таблицы с своими столбцами остаются. пропадают строки.