Проверьте, какой часовой пояс выдаёт вам PHP-функция date_default_timezone_get() и поменяйте, если он некорректен, на правильный с помощью функции date_default_timezone_set().
при каждом обращении записываю в лог файл значение time() и текущей временной зоны (date_default_timezone_get()) и получаю на каждые 3-5к тыс обращений:
1432570520 UTC
1432570521 UTC
1432570521 UTC
1432570522 UTC
1432570522 UTC 1432574601 UTC
1432574601 UTC
1432574602 UTC
1432574602 UTC
1432574603 UTC
1432570526 UTC
1432570527 UTC
1432570528 UTC
1432570529 UTC
1432570530 UTC
1432570531 UTC
1432570532 UTC
1432570533 UTC
1432570534 UTC
1432570535 UTC
установлен timezonedb для php. не помогает. что ещё можете посоветовать?
время на сервере Mon May 25 20:37:00 MSK 2015
таймзону устанавливаю явно в начале скрипта date_default_timezone_set('UTC');