Самое простое - хранить список в файле requirements.txt (имя может быть любым, но так принято):
Flask==0.10.1
Flask-Admin>=1.0.0
Версии можно указывать разнообразные, в том числе, определённые коммиты/ветки/теги из систем контроля версий.
Установить зависимости:
pip install -r requirements.txt --upgrade
в папке с этим файлом
Ещё вариант описать зависимости в setup.py, но это больше для библиотек нужно.