С проблемой столкнулся в Chrome. Как дела обстоят в других браузерах — не знаю, ибо не тестировал, да и нужен именно Chrome.
Открываем окно: var mywindow = window.open( ... );
далее с mywindow делаю все что мне нужно. Когда скрипт подключается обычным путем или, все нормально. Но стоит сделать из него userjs, то mywindow становится undefined в любом случае, хотя окно открывается.