У каждого алгоритма хэширования есть вероятность коллизий из-за ограничения длинны генерируемой строки.Это неотъемлемая часть собственно хеширования. Если нужно чтобы дубликаты были невозможны в принципе, длина хэша должна быть не меньше длины исходного файла.